L'îlot de Vila Franca s'élève à 63 mètres au-dessus de l'Atlantique, un cercle de basalte presque parfait dont les parois submergées du cratère abritent l'un des écosystèmes marins les plus riches des Açores. L'îlot s'est formé il y a environ 4 000 ans lorsque le magma a rencontré l'eau de mer lors de la phase volcanique finale de São Miguel, créant un cône de tuf effondré dont le bord sud-est s'est érodé pour laisser entrer la marée. Ce qu'il en reste est un amphithéâtre naturel de 150 mètres de diamètre, dont le lagon intérieur varie de huit à vingt mètres de profondeur selon la marée et la saison. Le gouvernement portugais a désigné le site comme zone de protection spéciale en 1983, limitant l'accès pour préserver les herbiers marins et les populations reproductrices de saupes, de sars et de poulpes. Des quotas de visiteurs quotidiens ont été officialisés en 2004 après que des biologistes ont documenté le stress subi par les poissons juvéniles pendant les mois d'été non réglementés. Aujourd'hui, le plafond de 400 personnes s'applique de juin à septembre, avec un service de ferry géré par l'autorité municipale de Vila Franca. Les frais de conservation financent le suivi continu de l'habitat et les patrouilles saisonnières des gardes forestiers. Sous la ligne de flottaison, le substrat volcanique crée des microhabitats thermiques qui attirent des espèces peu communes le long de la côte exposée de São Miguel. Les mérous bruns s'abritent dans les fissures de lave le long de la paroi nord, tandis que des bancs de castagnoles des Açores — endémiques aux eaux macaronésiennes — patrouillent dans la colonne d'eau. La visibilité moyenne est de quinze mètres par temps calme, pouvant atteindre vingt-cinq mètres les matins de marée faible lorsque les sédiments en suspension se déposent. La position de l'îlot à un kilomètre du rivage le place dans les corridors migratoires utilisés par les dauphins tachetés de l'Atlantique et occasionnellement par les tortues caouannes, bien que les observations à l'intérieur du cratère restent opportunistes. Les billets pour l'excursion de snorkeling à São Miguel incluent le passage en ferry et l'entrée dans la réserve, la plupart des opérateurs partant de la marina de Vila Franca do Campo entre dix heures et midi. Des excursions guidées par des biologistes marins permettent d'identifier les espèces et d'obtenir un contexte sur la géologie volcanique des Açores, tandis que les options en autonomie permettent un temps de baignade prolongé dans les limites protégées du cratère. Le site ferme à 18h00 tous les jours, avec les derniers départs de ferry synchronisés avec les courants plus forts de l'après-midi.