Le cratère circulaire de l'îlot de Vila Franca, s'élevant à 63 mètres au-dessus du fond atlantique, abrite l'une des plus fortes concentrations d'activité cétacée d'Europe tout au long de l'année. Le cône volcanique effondré crée un amphithéâtre naturel où les dauphins communs, les grands dauphins et les globicéphales saisonniers traversent des courants qui acheminent des remontées d'eau riches en nutriments depuis la dorsale médio-atlantique. Des biologistes marins ont recensé plus de 28 espèces de cétacés dans les eaux de São Miguel entre 2018 et 2025, avec des dauphins observés 94 % des jours surveillés dans la zone de protection de l'îlot. La zone de conservation applique des limites strictes de visiteurs quotidiens pour protéger les zones de frai du mérou brun et les sites de reproduction des colonies de puffins cendrés qui nichent dans les falaises basaltiques du cratère. La plongée avec les dauphins à São Miguel a été réglementée en 2019 lorsque le gouvernement régional a désigné l'îlot comme zone spéciale de conservation dans le cadre du réseau Natura 2000. Les opérateurs agréés suivent des protocoles d'approche interdisant la poursuite active — les rencontres dépendent de la curiosité des animaux plutôt que de l'interférence humaine. Les températures de l'eau varient de 17 °C en mars à 24 °C en septembre, avec une visibilité s'étendant de 15 à 30 mètres selon la houle atlantique. L'îlot se trouve à 1 200 mètres au large de Vila Franca do Campo, accessible uniquement par des opérateurs de bateaux agréés qui font alterner les créneaux de départ pour éviter la foule dans le lagon intérieur de 150 mètres de diamètre. Les relevés géologiques situent la formation du cratère à une éruption sous-marine il y a environ 5 000 ans, faisant partie de la chaîne volcanique qui a façonné la côte sud de São Miguel. Le fond peu profond du lagon, composé de sable volcanique noir et de lave fragmentée, descend progressivement jusqu'à huit mètres avant de plonger dans le canal atlantique ouvert. Les biologistes marins accompagnant les excursions de plongée avec les dauphins à São Miguel identifient les espèces par la forme de la nageoire dorsale, les habitudes de surface et les clics d'écholocalisation audibles sous l'eau. Les dauphins tachetés de l'Atlantique fréquentent la zone de mai à octobre, tandis que des groupes de grands dauphins résidents patrouillent sur le plateau côtier toute l'année. La topographie sous-marine de l'îlot crée des canaux acoustiques qui amplifient les vocalisations des cétacés, permettant aux plongeurs d'entendre la communication des dauphins à des distances dépassant 200 mètres.