Der kreisförmige Krater der Ilhéu de Vila Franca, der 63 Meter aus dem Boden des Atlantiks ragt, schützt eines der am dichtesten besiedelten Gebiete Europas für ganzjährige Wal- und Delfinaktivitäten. Der eingestürzte Vulkankegel bildet ein natürliches Amphitheater, durch das Gemeine Delfine, Große Tümmler und saisonale Grindwale ziehen, angelockt von Strömungen, die nährstoffreiches Wasser vom Mittelatlantischen Rücken aufwirbeln. Meeresbiologen dokumentierten zwischen 2018 und 2025 über 28 Walarten in den Gewässern von São Miguel, wobei an 94 % der überwachten Tage Delfine innerhalb der Schutzzone der Insel gesichtet wurden. Das Naturschutzgebiet setzt strenge tägliche Besucherlimits durch, um die Laichgründe für den Zackenbarsch und die Brutstätten für Gelbschnabel-Sturmtaucher zu schützen, die in den Basaltklippen des Kraters nisten. Das Schnorcheln mit Delfinen auf São Miguel wurde 2019 reguliert, als die Regionalregierung die Insel als besonderes Schutzgebiet im Rahmen des Natura-2000-Netzwerks auswies. Lizenzierte Anbieter folgen Protokollen, die eine aktive Verfolgung untersagen – Begegnungen hängen von der Neugier der Tiere ab, nicht von menschlichem Eingreifen. Die Wassertemperaturen liegen zwischen 17 °C im März und 24 °C im September, mit Sichtweiten von 15 bis 30 Metern, abhängig von der Atlantikdünung. Die Insel liegt 1.200 Meter vor der Küste von Vila Franca do Campo und ist nur über lizenzierte Bootsanbieter zugänglich, die Abfahrtszeiten rotieren lassen, um ein Überfüllen der 150 Meter durchmessenden Innenlagune zu vermeiden. Geologische Untersuchungen datieren die Entstehung des Kraters auf einen unterseeischen Ausbruch vor etwa 5.000 Jahren, Teil der Vulkankette, die die Südküste von São Miguel bildete. Der flache Lagunenboden aus schwarzem Vulkansand und fragmentiertem Lavagestein fällt allmählich auf acht Meter ab, bevor er in den offenen Atlantikkanal übergeht. Meeresbiologen, die beim Schnorcheln mit Delfinen auf São Miguel begleiten, identifizieren Arten anhand der Form der Rückenflosse, der Auftauchmuster und der Echolot-Klicks, die unter Wasser hörbar sind. Atlantische Fleckendelfine besuchen das Gebiet von Mai bis Oktober, während ansässige Gruppen von Großen Tümmlern ganzjährig am Küstenschelf patrouillieren. Die Unterwassertopographie der Insel schafft akustische Kanäle, die die Lautäußerungen der Wale verstärken, sodass Schnorchler die Delfinkommunikation aus Entfernungen von über 200 Metern hören können.